Wśród mieszkańców Jerozolimy znajdują się przedstawiciele niemal wszystkich istniejących Kościołów chrześcijańskich. Największe kongregacje udzielają ślubów, orzekają rozwody i sprawują jurysdykcję w innych sprawach rodzinnych im podlegających. Większość chrześcijan to Arabowie posługujący się na co dzień językiem arabskim, chociaż Izrael zamieszkuje również spora grupa chrześcijan, którzy są obywatelami innych państw. W sumie chrześcijanie stanowią niewiele ponad 2 procent mieszkańców. Największą grupą wśród chrześcijan jerozolimskich są wyznawcy prawosławia i chociaż są wśród nich Arabowie, wielu kapłanów oraz hierarchów jest grekami. W posiadaniu Kościołów prawosławnych znajduje się wiele wspaniałych świątyń zbudowanych w Ziemi Świętej. Mieszkają tu również mniejsze grupy kleru Rumuńskiego Kościoła Autokefalicznego oraz Patriarchatu Moskiewskiego i całej Rosji. Poczesne miejsce wśród Kościołów wschodniochrześcijańskich zajmuje Kościół ormiański. Słabiej są reprezentowani ortodoksyjni Syryjczycy i Koptowie. Kościół etiopski również ma tu kilkudziesięciu zakonników i sióstr zakonnych. W Kościele katolickim przeważają łacinnicy; oprócz nich żyją w Jerozolimie również melchici, grupa katolików utrzymujących własny obrządek, ale pozostająca w unii z Rzymem i podlegająca patriarsze antiocheńskiemu, a także maronici, Chaldejczycy oraz Syryjczycy i Ormianie pozostający w unii z Rzymem.
Kongregacja łacińska wspomaga wiele zakonów klasztornych. Zakonem obecnym najdłużej w Ziemi Świętej są franciszkanie, którzy opiekują się najważniejszymi miejscami chrześcijaństwa w Izraelu. Obecność protestantów w Ziemi Świętej datuje się od XIX wieku, kiedy to powstało biskupstwo ewangelicko-anglikańskie, W XIX wieku przybyły także grupy protestantów amerykańskich. Obecnie w Jerozolimie działają przedstawicielstwa niemal wszystkich Kościołów protestanckich.
Podczas Święta Namiotów (tzw. Kuczki) kilka tysięcy chrześcijan przybywa do Jerozolimy na pielgrzymkę.
Budowa kościoła Świętego Grobu została rozpoczęta za panowania cesarza Konstantyna, na pamiątkę ukrzyżowania i zmartwychwstania Jezusa. Oryginalny kościół był większy i zorientowany na osi wschód-zachód. Po zachodniej stronie, w tym samym miejscu co obecnie, znajdował się grób zwieńczony złotą kopułą. Golgota, miejsce męki Chrystusa, wyrastała jakby z obszernego dziedzińca otoczonego kolumnadą. Ówczesny kościół był wielką pięcionawową konstrukcją z atrium, dużym przedsionkiem, skąd schodziło się szerokimi schodami na cardo maximus.
Kościół padał ofiarą barbarzyńskich niszczycieli. Architektura obecnej świątyni odzwierciedla te zmienne koleje losu. Przetrwały na przykład niektóre fragmenty kościoła Konstantyna, ale mnogość rozmaitych dobudówek, które dodane w późniejszych czasach, sprawiła, iż masyw kościoła Świętego Grobu wtopił się w otaczające go miasto. Do XIV wieku pieczę nad kluczami do kościoła Świętego Grobu miał muzułmański strażnik, aby łagodzić spory kościołów chrześcijańskich, spośród których niemal wszystkie natarczywie domagały się praw do poszczególnych części kościoła Świętego Grobu. Obecnie sytuacja jest nieco skomplikowana, ponieważ chrześcijanie różnych obrządków mają tytuły własności pojedynczych fragmentów kościoła, na przykład kolumny, ściany, nadproża itp.
Jedno z najważniejszych miejsc dla chrześcijan w Jerozolimie, hospicjum Świętego Jana, leży na południe od kościoła Świętego Grobu. Zostało ufundowane w roku 1070, a na patrona zakładu wybrano świętego Jana Jałmużnika, miłosiernego patriarchę Aleksandrii z VII wieku. Gdy Jerozolimę zdobyli krzyżowcy, mistrz zdecydował, że zadaniem zakonu będzie również walka zbrojna o bezpieczeństwo szlaków wiodących do Palestyny. Hospicjum porzucono, kiedy chrześcijanie zostali w 1187 roku zmuszeni przez Saladyna do opuszczenia Jerozolimy. Przez następne lata miejsce to stopniowo popadało w ruinę.
Po podboju Jerozolimy przez rycerzy krzyżowych kościół został odbudowany i poświęcony na nowo w 1149 roku. Kościół Świętego Grobu przypomina świątynie romańskie z terenu Francji, wielkie kluniackie kościoły pątnicze. Chociaż większość wewnętrznej dekoracji kościoła uległa zmianie, plan obecnej świątyni odpowiada planowi kościoła krzyżowców.
Gdy w 1869 roku Fryderyk Wilhelm przybył do Ziemi Świętej, otrzymał w prezencie część jej terytorium.
W północno-wschodnim narożniku placu wzniesiono kościół Odkupiciela, który został poświęcony w 1898 roku, podczas wizyty cesarza Wilhelma II i cesarzowej Augusty Wiktorii. Z dzwonnicy roztacza się najwspanialszy widok Jerozolimy.
Jednym z najpiękniejszych budynków Świętego Miasta jest kościół św. Anny, który znajduje się nie opodal Bramy Jozafata. W trakcie prac archeologicznych stwierdzono, że właśnie w tym miejscu była Betesda (Sadzawka Owcza), gdzie według Jana (5:1-13) Jezus uzdrowił kalekiego człowieka. W połowie V wieku postawiono tam kościół ku czci św. Marii. W czasach wypraw krzyżowych sądzono, że w tym miejscu urodziła się Maria i świątynię tą zaczęto zwać kościołem św. Anny, od imienia matki Marii. Po najeździe muzułmańskim w 1187 roku w kościele założono szkołę koraniczną. Potem kościół stał pusty aż do roku 1856, kiedy został podarowany przez sułtana Napoleonowi III.
Na miejscu wybudowanej przez Heroda Wielkiego twierdzy Antonia znajduje się obecnie męska szkoła Umarijja. W tym miejscu było niegdyś pretorium, gdzie żołnierze rzymscy odziali Jezusa w purpurę i uplótłszy z cierni koronę, włożyli Mu ją na głowę. Niektórzy uważają je za Pierwszą Stację Drogi Krzyżowej. Pierwsza Stacja na via Dolorosa znajduje się obecnie w kaplicy Skazania. Druga Stacja, gdzie Jezus wziął krzyż, mieści się przy wejściu na dziedziniec klasztoru Biczowania. Nie opodal jest klasztor sióstr Syjonu, w którym znajdują się ruiny Sadzawki Strution. Łuk został zbudowany prawdopodobnie w czasach Heroda Agryppy (41-44), a być może nawet wcześniej, i służył jako wschodnia brama miasta. Trzecia Stacja Drogi Krzyżowej znajduje się przy kaplicy należącej do polskiego Kościoła rzymskokatolickiego, w miejscu, gdzie Jezus potknął się i upadł. Na południe stąd jest wejście do siedziby unickiego patriarchy ormiańskiego oraz kościoła, gdzie mieści się Czwarta Stacja. Tutaj Jezus spotkał Marię. Piąta Stacja upamiętnia miejsce, w którym Szymon Cyrenajczyk pomógł Chrystusowi nieść krzyż.
W kościele św. Weroniki znajduje się Szósta Stacja. Tutaj Weronika podała Jezusowi chustkę i otrzymała ją z powrotem z wizerunkiem Jego twarzy. Siódma Stacja upamiętnia miejsce, gdzie ogłoszono wyrok śmierci. Ósma Stacja znajduje się w miejscu, gdzie Jezus rzekł do towarzyszącej Mu kobiety, aby nie płakała. Przy Dziewiątej Stacji Chrystus upadł po raz trzeci. Pozostałe stacje Drogi Krzyżowej znajdują się wewnątrz kościoła Świętego Grobu.
Pomiędzy Bramą Jafską i Bramą Syjońską rozciąga się dzielnica ormiańska. Ormianie jako jedni z pierwszych przyjęli chrześcijaństwo i byli także pośród tych chrześcijan, którzy aktywnie działali w czasach bizantyjskich. W XII wieku zakupili kościół pod wezwaniem św. Jakuba, który po dziś dzień jest centrum religijnej wspólnoty w diasporze. Kompleks budynków wokół katedry św. Jakuba otacza mur. Wewnątrz są także dwa inne kościoły, rezydencja patriarchy ormiańskiego, seminarium wraz z biblioteką, mieszkania ormiańskich zakonników i sióstr zakonnych, hospicjum dla pielgrzymów, muzeum, szkoła oraz miejsce, gdzie goszczą przybywające tu rodziny.
Nieopodal siedziby patriarszej i naprzeciwko Cytadeli znajduje się kościół Chrystusa, poświęcony w 1849 roku, obecnie główna świątynia protestantów wyznania ewangelickiego. Warto również odwiedzić syryjski kościół św. Marka.
